Да, в принципе, все как в предыдущей заметке, только используем ffmpeg.
Один нюанс: чтобы в конвертированном файле сохранилась мета информация, например о дате создания файла (дата конвертации будет у файла датой создания, что не всегда удобно, т.к. не всегда по названию файла понятно когда он создан, а дату создания не хочется терять), надо использовать параметр -map_metadata 0 (или -map_metadata 0:g).

По аналогии генерим команду:

for file in *.MOV; do ffmpeg -i $file -map_metadata 0:g -vcodec h264 -acodec mp2 ${file/%.MOV/.mp4}; done

Проверяем

mediainfo FILENAME

Сработало!
Называем себя гением, идем пить глинтвейн.

P.S. Под настроение можно пакетно переименовать файлы используя например Encoded date из мета данных.

Проверка:

ls | grep "^MVI" | while read line; do targetname=$(mediainfo $line | grep "Encoded date" | sort -u | awk '{print $5"-"$6}'); echo "Old name: $line, new name: ${targetname}.mp4"; done

Переименование:

ls | grep "^MVI" | while read line; do targetname=$(mediainfo $line | grep "Encoded date" | sort -u | awk '{print $5"-"$6}'); echo "Old name: $line, new name: ${targetname}.mp4"; mv $line ${targetname}.mp4; done