Ну, короче, всякое про zsh тут буду собирать

Первое, на что наткнулся: .desktop файлы от приложений установленных через snap пролюбились. Насколько я понял, проблема в переменных окружения, а если конкретнее $XDG_DATA_DIRS.

Решение: добавил в /etc/zsh/zprofile

emulate sh -c 'source /etc/profile.d/apps-bin-path.sh'