Если при установке пакета что-то пошло не так и валятся варнинги типа такого:

W: http://repo.yandex.ru/yandex-disk/deb/dists/stable/InRelease: Key is stored in legacy trusted.gpg keyring (/etc/apt/trusted.gpg), see the DEPRECATION section in apt-key(8) for details.

Для примера взял установку Yandex.Disk

Результат – apt бухтит при update, как показано выше.

Решение:

Смотрю список ключей

sudo apt-key list

Вычисляю нужный

Warning: apt-key is deprecated. Manage keyring files in trusted.gpg.d instead (see apt-key(8)).
/etc/apt/trusted.gpg
--------------------
pub   rsa2048 2013-08-12 [SC]
     EE2C 34FH 58DC 4587 38D1 KJ54 EFC4 571D 7C90 E5AF
uid           [ unknown] Yandex Disk Repository Key <disk-desk-dev-store@yandex-team.ru>
sub   rsa2048 2013-08-12 [E]

Беру последние 8 цифр ID и запускаю команду

sudo apt-key export 7C90E5AF | sudo gpg --dearmour -o /etc/apt/trusted.gpg.d/yandex-disk.gpg

После apt update варнинг должен уйти.

Дальше можно настроить /etc/apt/sources.list.d/yandex-disk.list добавив аргумент signed-byс путем до файла подписи, а можно забить и пойти пить пиво. Тут надо серьезно подумать.
Если на пути своих размышлений я свернул куда-то не туда, то делать надо так

deb [arch=amd64 signed-by=/etc/apt/trusted.gpg.d/yandex-disk.gpg] http://repo.yandex.ru/yandex-disk/deb/ stable main

Теперь можно спокойно грохнуть ключ в trusted, так

sudo apt-key del 7C90E5AF